从系统物流的角度来审视，我国的医药物流领域存在着许多结构、管理、运作、技术上的缺陷，这些问题在物流平台的构筑上尤其明显。专家认为，医药物流企业对信息平台的应用需求估计要3至4年才会大范围地体现出来。目前制约物流信息平台建设的因素主要有以下几种：
分部门管理的基础设施无法兼容
从系统的角度来看，分部门管理的基础设施缺乏兼容性。物流的灵魂在于系统，物流之所以取得了成功，是因为它发挥了系统的作用，可以追求系统的优化。但受多种因素的影响，组成物流系统的各个主要领域处于分立状态，而且经常出现互斥的局面。各个领域在改革开放之后都有了长足的发展，但是许多发展互相背离，很难做到互相兼容，难以兼容的铁路和海运集装箱就是一个典型的例子。从管理的角度来看，医药物流平台存在体制上的分割，缺乏系统的协调管理。
物流的关键在于管理，但是在我国，迄今为止，十分缺乏对组成物流系统的不同领域（公路、铁路、水运、空运、仓库、货站、港口、站场……）综合的、统筹的协调管理，可能给今后发展带来巨大的隐患。
技术水平仍处于较低层次
从技术的角度来看，缺乏系统的技术开发。我国医药物流平台的技术水平还处于较低的层次，物流技术和物流平台技术之中虽然也有许多可以局部地、小规模地进行开发的单项技术，但是影响整个物流平台水平的技术，是系统技术。系统技术开发的投入非常高，开发时间也较长，又有较大的风险，不受到政府的重视是很难进行大规模系统开发的。“没有政府支持是不行的，只有在政府有关部门协调管理下建立全国性的大网才能真正解决医药交易中的一系列问题。”海虹的人士这样说。在业内看来，孤立分散的“节点”固然可以解决点上的很多问题，但是由“点”到“面”才能全面降低整体交易成本，使得全国的交易更加透明化。
一位亲身经历了信息平台兴衰的物流经营者透露，目前的物流信息平台大多已能实现货运信息供需双方的信息交流，包括车辆、货物等相关信息的发布以及查询，也可以进行竞标、请求配载等交易的初级行为。但是，这种中介型的平台，存在诸多难以克服的问题。例如，信息虚假多、不能即时成交、信息无的放矢、不易形成价格发现机制等。由于发布信息量少，导致成交量寥寥无几，尽管发展潜力很大，但目前仍处在市场开发和投入阶段。
独立运作的模式制约平台利用率
一个公共信息平台是否成功，最终取决于应用，取决于有没有客户群使用这样的平台，而平台给他们带来效益，这也是平台自身获得生存与发展的根据。公共信息平台的难题并不在于技术上，而是在商业模式上。
中国的医药企业习惯了独立运作，在价值链上，各个角色之间的联系并不紧密，往往是一种松散型的合作。由于彼此之间利益关系的存在以及企业自身信誉度缺乏有力地保障，导致了企业之间不能做到完全地信赖，影响了企业参与公共信息平台运作的积极性。如果仅仅作为信息发布的平台，问题不大，但要想真正地“搭台唱戏”，使有关医药企业通过平台进行交易，还必须有一个强有力的驱动力量，否则极有可能面临冷场的尴尬局面。
网络的诚信问题没有办法保证，一旦监管和配套措施没有跟上很有可能导致假药劣药泛滥。因观念、习惯、社会信任度等原因，中国的企业对网络并不是非常认可。随着《电子签名法》的出台，全国的诚信环境有望藉此得到改善。
在国外，成功案例的共同特点就是必须有一个有效的手段，能够全盘掌控价值链上的各个环节，保障交易的安全，从而才能使企业有信心、有兴趣参与其中。而实际上，在国内，这样的条件还不是十分完备，公共信息平台眼下更像是一种理想。
软件模块没有从企业的实际需求出发
一些医药生产或物流企业在谈到信息化需求时，只是说看到别人用手持式终端扫描商品速度极快，于是自己也想引进类似的信息系统；还有的医药企业则把物流作业流程不加分类和整理，画上几张草图就直接外包给软件开发商负责系统规划和开发；更有一些医药企业在软件开发商的游说下，一经鼓动，便仓促决策和立项。
像这些对物流信息化的认识、对本企业信息化需求不明不白的个案比比皆是、不一而足，这样的开发立项工作经常为最终信息化建设的失败埋下伏笔。
从失败的个案来看，大多数医药企业往往采用头痛医头，脚痛医脚的方法来处理企业的信息化需求，即片面地解决某一物流作业环节或局部的问题而不是从整个物流系统的角度来考虑解决问题的办法，结果开发出来的软件模块之间互不兼容，无法实现系统的统一和衔接。尽管从每个局部上看已经有了软件系统支持作业，在局部上也会促进物流作业自动化程度的提高，但是由于各环节相互独立，结果造成整个企业的物流网络平台和各节点间无法实现信息畅通，信息化并没有实现全局自动化程度的提高，使得经营效益也大打折扣。
存在严重的结构缺陷
物流平台结构，主要由线路和“结点”交叉接合配置，形成了网络。但是这种结构基本上处于畸型发展的状态，能够直接反映数字的线路，特别受到各个领域、各个部门的关注，处于较快的发展状态，而线路的交汇、所构成的“结点”，长期受到忽视。尤其是不同线路（公路、铁道、水运、空运）交汇而形成的综合性结点，更是受到忽视，甚至是处于某种空白状态。做医药电子商务需要具备一定的条件：一个是要充分依靠过硬的IT技术，另一个是要建立物流中心和高效的配送队伍，才能真正把握终端。而中国医药市场很特殊，大部分药品都在医院销售。搭建一个全医药行业交互平台，客户完成所有的交易环节在短时间内还不可能。
