由于涉及粮食安全问题，曾经被广泛看成替代燃料的燃料乙醇未来将不会得到快速发展。据《可再生能源中长期规划》透露，到2010年，燃料乙醇年产能将达到200万吨，平均年增长率不到6％；到2020年，燃料乙醇产能将达到1000万吨。
作为一种新兴替代能源，燃料乙醇近年发展很快，2006年产能130万吨，比去年增长25％。另一种生物燃料——生物柴油也是利用油料作物或纤维植物制成的替代品，预计2010年产量达到20万吨，2020年达到200万吨。
由于我国是一个粮食需求大国，国家严格限制使用粮食加工燃料乙醇，要求利用粮食加工的废弃物，或者利用木薯、秸秆以及其他纤维素生产燃料乙醇。我国近期要发展规模不小于5万吨的燃料乙醇和生物柴油项目，积极开展能源综合利用，充分利用现有产能。目前的示范项目包括40万吨甜高粱原料燃料乙醇、60万吨薯类原料燃料乙醇、10万吨麻风树原料生物柴油等项目。
除了粮食安全问题之外，生物燃料油的大规模推广还受到安全性能的制约，必须对各类生物燃料油进行质量标准的统一。由于生物燃料油将用于各种汽车，必须要进行广泛的试验，并进行统一的质量规定，以确定其油品的安全性和稳定性。
对于生物燃料油的发展和推广要慎重，必须保证相关的政策标准已经完备才能大规模推广。在政策支持方面，要给予生物质能利用企业以政策和市场的双重保障，首先要予以生物质能企业税收优惠和必要的财政补贴，同时要制定生物液体燃料进入石油销售体系的规定，破除市场壁垒。
